28 июня в город вошли подразделения вермахта, начался период оккупации Минска. Щербацевичи не приняли новых порядков. Была создана подпольная группа по спасению командиров и политработников Красной Армии находившихся в госпитале, возглавляемая рабочим Минского вагоноремонтного завода. Часть военнопленных, которых удалось вывести из госпиталя, было решено несколькими группами переправить через линию фронта. В одной из таких групп (вместе с О. Ф. Щербацевич и её сыном Володей Щербацевичем) шёл бывший военнопленный Борис Рудзянко. Самовольно отделившись от своей группы, он вернулся в Минск, где был задержан немцами и на допросе выдал членов подполья.
26 октября 1941 года в Минске была совершена казнь двенадцати подпольщиков, повешенных в разных местах города группами по трое человек за «изготовление фальшивых паспортов и причастность к партизанскому центру, располагавшемуся в лазарете для русских военнопленных».
Володя (Владлен) Щербацевич вместе с товарищами по подполью, Кириллом Трусом (Трусовым) и Машей Брускиной был повешен на арке ворот дрожжепаточного завода на улице Ворошилова (с 1961 года — улица Октябрьская). Его мать Ольга Щербацевич была казнена в тот же день в другом месте города. Также были повешены Надежда Янушкевич и Пётр Щербацевич (сестра и брат Ольги Щербацевич), Николай Кузнецов (муж Надежды Янушкевич), Елена Островская (соседка Ольги Щербацевич по квартире). Казнь была совершена карателями 2-го литовского батальона вспомогательной полицейской службы под командованием майора Антанаса Импулявичуса и снималась на плёнку фотографом из Каунаса.
В 1967 году был снят документальный фильм «Казнён в 41-м» — о расследовании журналистом и детским писателем В. Н. Морозовым по установлению личности Володи Щербацевича на известной фотографии с места казни.
Впервые рассказ «Володя Щербацевич» был опубликован в 1969 году и выпущен издательством «Малыш». В 1974 году рассказ вошёл в книгу (сборник рассказов) «Аркаша Каманин, Альберт Купша, Маркс Кротов, Коля Рыжов, Володя Щербацевич».
Эта редакции предназначались для детей младшего возраста, а для взрослых В. Н. Морозов издал повесть «Володин фронт: Документальная повесть о пионере-герое В. Щербацевиче», вышедшую в Москве в издательстве Молодая гвардия в 1975 году.
В 2023 году в честь Влади́мира Ива́новича Щербаце́вича была названа школа в городе-герое Минске - ГУО "Средняя школа № 9 г.Минска имени В.И. Щербацевича".